7 мая 1998 года согласно постановлению Губернатора Ханты-мансийского автономного округа А.В. Филипенко Ханты-Мансийский окружной краеведческий музей реорганизуется в Музейный комплекс «Государственный музей Природы и Человека». Главной задачей проекта является организация разрозненных музейных учреждений (в большинстве с однотипными краеведческими экспозициями) в единую структуру, каждый элемент которой имеет свою специфику и в то же время занимает определенную нишу в многофункциональном музейном комплексе.

24-27 марта 1999 музей принимает участие в Первом Московском международном музейном фестивале «Интермузей-99». Музей представляет художественно-археологический проект «Путь на прародину». Проект получает высокую оценку специалистов и удостоен Диплома Первой степени в номинации «Самый оригинальный музейный проект».

18 мая 1999 года выходит первый номер газеты «Музейное дело». Это ежеквартальное приложение к культурно-публицистической еженедельной газете «Читающая Югра», издается по заказу Государственного окружного музея Природы и Человека.

30 мая 1999 г. музей выигрывает Грант Губернатора Ханты-Мансийского автономного округа в номинации «Музейное дело» на реализацию проекта «Рекогносцировочная оценка палеофауны округа с реставрацией скелета трогонтериевого слона для экспозиции окружного музея».

Музей принимает участие во Всероссийском конгрессе «Коренные малочисленные народы на пороге XXI века: проблемы, перспективы, приоритеты». На выставке «Северная цивилизация на пороге XXI века: мифология, быт, культура», которая проходила в рамках конгресса, музей предоставил этнографический проект «Медвежьи игрища».

21-23 декабря 1999 года в окружном музее проходит первый семинар «Организационные, правовые и финансовые аспекты деятельности музеев в новых экономических условиях». В работе семинара приняли участие руководители и ведущие специалисты из 17-ти музеев округа.

В 2000 году экофондом Ханты-Мансийского автономного округа профинансирован культурно-образовательный проект музея «Воспитание экологической культуры младших школьников музейными средствами». В рамках программы музеем совместно с государственной телевизионной компанией «Новая студия» (Ханты-Мансийск) создаются видеофильмы «Этот хрупкий мир природы» и «Когда оживают музейные экспонаты». Последний был представлен на Всероссийском экологическом фестивале «Спасти и сохранить» в г. Ханты-Мансийске. Фильм удостоен Диплома жюри фестиваля и отобран для показа на Всероссийском телеканале «Культура».

В 2000 году в музее открываются новые выставки: «Мир нефтяников. Как это было», фотовыставка «Полевые этюды», проходит региональная научно-практическая конференция «Вторые исторические чтения. Великий подвиг народа».

19 июля 2000 года музей Природы и Человека закрывается на реконструкцию. В этом году вся деятельность окружного музея направлена на подготовку к вводу в эксплуатацию здания музея после реконструкции и создание новой стационарной экспозиции «Связь времен».

7-19 октября 2000 г. впервые в рамках договора о культурном сотрудничестве между главным управлением культуры Ханты-Мансийского автономного округа и Гечейским музеем области Зала (Венгрии) археологи Государственного окружного музея Природы и Человека принимают участие в проведении аварийно-спасительных работ на археологических памятниках, попадающих под строительство автотрассы №70 на западе области Зала. В ходе работы археологи музея и венгерские коллеги проводят полевой практикум, где обмениваются опытом проведения археологических раскопок.

30 мая 2001 г. снова проект музея Природы и Человека «Чембакчинский мамонт» завоевывает Грант Губернатора Ханты-Мансийского автономного округа в номинации «Музейное дело».

В марте 2002 г. в музее внедряется автоматизированная система учета КАМИС-2000 и начинается работа по созданию электронной базы данных музейных коллекций. Эта программа призвана решить проблему по документированию и учету фондов музея и стать основой для электронной версии музейной экспозиции.

18-23 мая 2002 г. на четвертом Всероссийском фестивале музеев «Интермузей-2002» музей выступает в конкурсной номинации «Музей в III тысячелетии», где представляет дизайн-проект экспозиции «Мифологическое время» и один из ее сюжетов «За миром смотрящий». Проект удостоен Диплома I степени.

Сегодня музей располагается в современном трёхэтажном здании. Экспозиционная площадь его после реконструкции, которая уже практически завершена, составляет 1739 кв.м. В настоящее время в фондах Государственного музея Природы и Человека около 100 тысяч единиц хранения. В составе музейного собрания палеонтологическая, археологическая, этнографическая коллекции, документальные и письменные источники, фотофонд, фонд редкой книги и т. д. Музей располагает уникальными экспонатами: объекты палеофауны, в числе которых – костяк трогонтериевого слона (одна из предковых форм мамонтовой линии), подобных ему в мире – единицы. Украшением коллекции по христианству является риза священнослужителя, подаренная князем Меншиковым Берёзовской церкви, а также рукописи старейшего на севере Сибири Кодского монастыря.

Последний мощный проект 2003-2004 годов – Международная выставка «Окно в мифологическое время. Сибирский шаманизм 19-21 веков» 4 месяца экспонировалась во Франкфурте-на-Майне в Германии.